（一）明确水体面积。多大面积水体应当纳入农村黑臭水体排查范围，生态环境部与相关部门联合发布的《农村黑臭水体治理工作指南》（以下简称《指南》）规定：原则上将水体面积200平方米及以上纳入农村黑臭水体排查范围，但群众反映强烈的黑臭水体，可不限于上述要求。

（二）明确识别步骤。《指南》进一步明确，按照感官判断、公众评议、水质监测三个步骤，判断是否为黑臭水体。前一步骤可判定为黑臭水体的，则不进行下一步骤。

（三）规定了不判定为黑臭水体的特殊情形。包括无污染源、仅透明度单项指标超标的水体；以及农村污水治理中作为污水收集、输运和处理系统的水体，如收集农村生活污水并输运至污水处理设施的加盖的村庄边沟等非管道收集系统形成的水体；本身作为污水处理系统一部分且运行正常的水体，如人工湿地、氧化塘等。