建设污水处理厂是污染物减排的重要措施。南通市各地加大了污水处理厂建设力度。南通开发区投资7000万元实施第一污水处理厂三期扩建工程，新增日处理规模4.8万吨，开发区第二污水处理厂2.5万吨扩建工程正在进行设备安装；市污水处理中心三期扩建工程近期将投入试运行，城区每天可新增污水处理能力10万吨，总处理能力达到22.5万吨/日。这些新扩建工程满足了工业企业废水与生活污水排放量不断增加的要求。